我们之前介绍了Claude Code和Codex的Skill系统，今天再一起来看看它们如何设置全局系统提示词——让AI记住你的偏好，无需每次重复交代。

系统提示词：AI的入职手册

系统提示词是给AI的“入职手册”——把编码风格、工作规范、个人偏好写成文件，让AI永久记住，无需每次重复交代。Claude用CLAUDE.md和Memory，Codex用AGENTS.md，本质都是这个作用。
这两个文件都是系统提示词配置文件，作用是给AI设定固定的“行为规则”和“工作偏好”。

文件	所属工具	核心作用
CLAUDE.md	Claude Code	全局系统提示词，定义Claude的编码风格、工作流、交互方式
Memory	Claude Code	项目级快速备忘，记录个人偏好和临时习惯
AGENTS.md	OpenAI Codex CLI	项目级系统提示词，定义Codex的编码规范、项目要求、回复格式

Claude Code记忆体系

Claude实际上有两套“记忆”机制，分工不同：

系统	触发方式	保存位置	用途
CLAUDE.md	无 # 前缀，或明确指令	~/.claude/CLAUDE.md 或 ./CLAUDE.md	正式规范、团队标准
Memory	# 前缀触发	~/.claude/projects/{project}/memory/	个人偏好、临时备忘

关键区别：# 是Memory系统的触发符。加 # 快速记个人偏好，不加 # 更新正式规范。

CLAUDE.md

Claude使用CLAUDE.md文件作为系统提示词，支持多级配置：

层级	位置	作用
用户级	~/.claude/CLAUDE.md	个人编码偏好，跨项目生效
项目级	./CLAUDE.md	团队共享的项目规范
本地级	./CLAUDE.local.md	个人项目专属，不共享
目录级	./src/CLAUDE.md	子目录特定规则

加载优先级：越具体的层级越优先

生效顺序（从基础到优先）：
用户级 ~/.claude/CLAUDE.md
    ↓
项目级 ./CLAUDE.md → ./CLAUDE.local.md
    ↓
子目录级 ./src/CLAUDE.md → ./src/CLAUDE.local.md

CLAUDE.md示例

# 生信分析规范

## 代码风格
- Python脚本使用4空格缩进
- 变量名用小写下划线(如'gene_count')
- 函数必须添加docstring说明参数和返回值

## 数据处理
- 原始数据务必保留备份
- 中间结果输出到'tmp/'目录
- 最终结果输出到'results/'目录并记录版本

## 常用工具
- 序列处理：seqtk, seqkit
- 比对：STAR, minimap2
- 定量：featureCounts, Salmon

## 交互规范
- 分析前确认基因组版本（hg38/hg19/mm10）
- 重要操作前告知可能的风险

验证CLAUDE.md生效

启动Claude Code，输入：

“我要分析一批RNA-seq数据，帮我写个比对脚本”

Claude没有直接写代码，而是先弹出交互式选项询问基因组版本，这正是我们在规范里要求的。界面上还能看到“测序类型”和“比对工具”的待确认项，说明它确实在按“重要操作前告知风险”的规矩来。等这些都选完，它会输出符合我们代码风格的脚本，比如4空格缩进、变量用小写下划线、函数带上docstring等细节。

更新CLAUDE.md

输入：

“以后所有脚本都要记录运行时间，把这个写入CLAUDE.md”

Claude会读取现有文件并询问是否确定添加和更新，执行Yes确认后会自动追加新规范

确认后可以看到CLAUDE.md文件已有新添加内容

Memory

什么是Memory？

除了正式的CLAUDE.md，Claude还提供了一个更轻量的记忆机制——Memory系统。你可以把它理解为你的“私人备忘录”：不需要经过确认流程，不用考虑团队规范，快速记下那些“我喜欢这样处理”的个人偏好。
Memory保存在项目专属的目录中，每个项目独立：

~/.claude/projects/{project-name}/memory/
├── MEMORY.md              # 记忆索引，列出所有记忆
├── fasta_preference.md    # 具体记忆文件 1
├── scrna_preference.md    # 具体记忆文件 2
└── ...

每个记忆文件采用YAML前置元数据+Markdown主体内容的标准格式：

---
name: fasta-preference
description: FASTA文件处理的工具偏好
type: feedback
---

# FASTA 处理偏好

## 工具选择
- 优先使用 `seqkit` 处理 FASTA 文件
- 不再使用 `seqtk`

## 常用命令
- 统计序列数：`seqkit stats input.fa`
- 提取长序列：`seqkit seq -m 1000 input.fa > output.fa`
- 格式转换：`seqkit fq2fa input.fq.gz -o output.fa`

索引文件MEMORY.md会自动维护，方便快速浏览：

# Memory Index
- [FASTA Preference](fasta-preference.md) - FASTA文件处理的工具偏好
- [Plotting Style](plotting-style.md) - 绘图风格和配色方案

查看记忆：

cat ~/.claude/projects/{project}/memory/MEMORY.md

删除记忆：

• 由于Memory设计为轻量级备忘，没有精细的管理界面，需要手动删除：

# 删除特定记忆文件
rm ~/.claude/projects/{project}/memory/fasta-preference.md


# 或清空整个记忆目录
rm -rf ~/.claude/projects/{project}/memory/*

什么时候用Memory？

• 突然想到一个顺手的工具组合
• 发现某个参数设置特别适合你的数据
• 临时记住一个常用的分析流程
• 任何不想写进正式文档的小习惯

如何使用Memory？

方式一：# 前缀触发
只需在对话中以#开头：

# 以后处理fasta文件都用seqkit而不是seqtk

Claude会立即记录，没有确认对话框，不打断你的思路

方式二：/memory指令
输入/memory可以查看和管理记忆系统：

• 查看Auto-memory状态（on/off）
• 查看User memory和Project memory的保存位置
• 打开auto-memory文件夹快速浏览（终端无图形化界面时不支持打开）
  

双机制对比

特性	CLAUDE.md	Memory
触发方式	无 #，或明确说"写入 CLAUDE.md"	# 开头
交互	询问确认后更新	自动保存，无确认
内容	正式规范、团队标准	个人偏好、临时备忘
位置	~/.claude/CLAUDE.md 或 ./CLAUDE.md	~/.claude/projects/{project}/memory/
共享性	可提交Git，团队共享	仅本地，不共享
优先级	高（正式规范）	补充参考
示例	“把这个写入CLAUDE.md”	# 以后都用 seqkit

Codex记忆体系

什么是AGENTS.md？

Codex使用AGENTS.md作为系统提示词文件，作用与Claude的CLAUDE.md类似。Codex在开始任何工作前都会读取AGENTS.md，通过分层配置确保每个任务都按统一规范执行。它采用的分层设计可以简单理解为：越靠近你当前位置的配置，优先级越高

Codex启动时会构建一条“指令链”，从两个层面收集规则：
全局层面：~/.codex/目录下的AGENTS.md，放你个人通用的习惯。如果临时想覆盖又不想删原文件，可以建一个AGENTS.override.md，Codex会优先读它。
项目层面： 从项目根目录一路向下找到你当前的工作目录，每层都可能有配置。Codex会把沿途找到的文件拼在一起，后出现的内容覆盖前面的。
所以实际优先级是：

当前目录 > 父目录 > 项目根目录 > 全局配置 > Codex默认

每个目录里，Codex先看有没有AGENTS.override.md，没有再找AGENTS.md。override文件适合临时调整，删掉就恢复原来的规则。

文件结构：

~/.codex/
├── AGENTS.md              # 全局个人指导
├── config.toml            # 模型、提供商等配置
└── skills/                # 项目级Skill（可选）

你的项目/
├── AGENTS.md              # 项目级规范（最优先）
└── .codex/
    └── AGENTS.md          # 替代位置

AGENTS.md示例：

## 生信分析规范

### 代码风格
- Python 脚本使用 4 空格缩进
- 变量名用小写下划线（如 `gene_count`）
- 函数必须添加 docstring 说明参数和返回值

### 数据处理
- 原始数据务必保留备份
- 中间结果输出到 `tmp/` 目录
- 最终结果输出到 `results/` 目录

### 常用工具
- 序列处理：seqtk, seqkit
- 比对：STAR, minimap2
- 定量：featureCounts, Salmon

### 交互规范
- 分析前确认基因组版本（hg38/hg19/mm10）
- 重要操作前告知可能的风险
- 提供命令时解释关键参数含义

如何使用AGENTS.md

第一步：创建文件并粘贴保存规范（推荐项目级）

# 在项目目录创建（推荐）
vim ~/codex-project/AGENTS.md

# 或者全局配置
vim ~/.codex/AGENTS.md

第二步：验证生效
启动Codex，输入：

“我要分析一批RNA-seq数据，帮我写个比对脚本”

Codex会根据加载的规范来执行，按照规范询问基因组版本、测序类型等必填参数，而不是直接开始写代码

更新机制

Codex支持在对话中直接更新项目级的AGENTS.md：

“帮我在AGENTS.md里添加一条：比对后检查比对率和覆盖度”

Codex会读取当前AGENTS.md，在“质控要求”部分追加新规范，经确认后完成更新。
边界说明：

• 只能更新项目级AGENTS.md，不能覆盖系统或开发者层面的更高优先级指令
• 如果新增规则与现有规范冲突，Codex会指出冲突点，按可执行的方式处理
  也可以手动编辑 vim AGENTS.md，实时生效。
  

核心对比

维度	Claude CLAUDE.md+Memory	Codex AGENTS.md
文件命名	CLAUDE.md + memory/	AGENTS.md
全局位置	~/.claude/CLAUDE.md	~/.codex/AGENTS.md
项目级支持	✅ 原生支持（./CLAUDE.md）	✅ 原生支持（./AGENTS.md）
快速备忘（#）	✅ Memory 系统	❌ 不支持
动态更新	✅ 对话中自动更新	✅ 对话中更新项目级 AGENTS.md
实时重载	✅ 自动检测	✅ 自动检测
多级覆盖	✅ 用户/项目/目录/本地 四级	⚠️ 全局+项目两级

使用建议

Claude用户

需求	操作	保存位置
快速记个人偏好	# 以后都用…	memory/（自动）
更新团队规范	“写入CLAUDE.md”	CLAUDE.md（需确认）
项目级共享	编辑 ./CLAUDE.md	提交Git
个人项目专属	编辑 ./CLAUDE.local.md	不提交

Codex用户

1. 项目规范：创建项目级AGENTS.md（推荐）
2. 全局配置：_{/.codex/AGENTS.md（目前不生效，建议放}/AGENTS.md作为父目录继承）
3. 快速切换：创建项目级Skill（./.codex/skills/）
4. 动态更新：对话中直接让Codex修改AGENTS.md
5. 注意：Codex没有Memory系统，临时偏好需要写入AGENTS.md或创建Skill

结语

无论是Claude的CLAUDE.md+Memory还是Codex的AGENTS.md，核心目标一致：让AI记住你的工作方式，给AI分配任务时，越具体AI完成得越好。