在计算生物学、创新药靶点验证、蛋白功能研究领域，蛋白 - 蛋白互作（PPI）解析、小分子化合物 - 靶点蛋白结合的精准模拟，一直是决定研发效率与实验成功率的核心环节。传统湿实验手段存在周期长、成本高、通量低的痛点，而 AI 结构预测 + 分子对接的计算模拟方案，已成为临床前研发与基础科研的标配工具。

但大量从业者在实操中，普遍面临结构预测可靠性不足、对接结果假阳性高、结合位点解析不精准、可视化呈现不规范等问题，最终导致分析结果无法指导实验，甚至造成论文返修、研发试错成本激增。

针对行业痛点，科晶生物深耕数字化生物研发服务，打造了从 AI 蛋白结构建模→分子对接精准分析→结合位点可视化绘图的全流程闭环服务，覆盖蛋白 - 蛋白对接、化合物 - 蛋白对接两大核心场景，为生物医药研发、基础科研提供精准、可追溯、可落地的标准化计算分析服务。

核心技术体系与标准化质控流程

1. 蛋白-蛋白互作（PPI）对接与位点解析全流程

我们建立了从建模到结果交付的全链条质控标准，全程对标国际顶刊规范方法：

• AlphaFold3 一对一精细建模：采用最新版 AlphaFold3 完成蛋白三维构象预测，核心质控指标为pTM+ipTM 值，其中 pTM 评估蛋白整体结构预测准确性，ipTM 专门评估蛋白互作界面的预测精度，以 pTM+ipTM＞0.75 为合格标准，从源头保障结构预测的可靠性，为后续对接分析奠定基础。
• HDOCK 精准对接分析：采用行业公认的蛋白互作对接金标准工具 HDOCK，优化核心参数（Spacing 设为 1.2，Angle 设为 15）提升对接精度；通过对接分数计算置信度，以置信度得分＞0.7、结合能＜-200为核心判定标准，精准评估蛋白结合可能性与互作强度，有效降低假阳性结果。
• PyMOL 核心位点可视化绘图：基于对接结果，完成互作位点的高清可视化呈现，精准定位核心互作氨基酸残基，量化互作距离，输出可直接用于 SCI 论文发表、项目申报的规范配图与完整位点数据。

2. 化合物 - 靶点蛋白对接与结合位点精准解析

针对新药研发中先导化合物筛选、靶点验证核心需求，打造标准化小分子对接分析方案：

• 同样以 AlphaFold3 完成靶点蛋白高精度建模，保障靶点结构的准确性；
• 采用 AutoDock Vina 进行精细化对接筛选，精准计算化合物与靶点蛋白的 Max Affinity 结合亲和力，实现纳摩尔级结合能力的量化预判；
• 通过 PyMOL 完成结合位点的原子级可视化，精准定位与化合物产生互作的关键氨基酸残基，量化 Å 级互作距离，为先导化合物优化、构效关系分析提供精准的数据支撑。

全维度交付内容

我们为每一个项目提供完整可追溯的交付成果，包括：标准化结题分析报告、全维度对接数据分析总表、高清位点可视化绘图文件、原始结果文件，所有数据与方法均对标Nature、Nature Protocols等顶刊规范，可直接用于学术发表、项目申报与研发落地。

如有蛋白对接、分子对接、AI 结构建模、位点绘图相关技术需求，可留言交流获取定制化解决方案