在TS和auto3DSeg中运行新模型总是报错?解决思路分享
相信我的大多数粉丝,在我去年的重推之下,都已经开始使用TotalSegmentator(TS)这样强大的分割工具了。目前,TS 用于稳健分割CT图像中超过100种解剖结构的工具以及MRI图像中80多个器官结构。而这个数字,还在随着研究人员不断地深入研究,一直都在更新。
想要第一时间掌握更新动态,你可以关注ts开发者github,如下图:

从图中可以看到,开发者是更新的非常频繁的,昨天都才更新过。你可以从主页看到TS的所有模型。
比如说,现在公开可用的模型增加到如下这些:


这比去年我分享的模型又多上了许多。
那么,问题来了。
1.当我好不容易安装上了TS,想用新模型如何下载?
新模型需要更新TS才可以用。有两个选择,第一个只更新TS,不更新slicer。就去slicer的扩展管理里卸载ts再重新装就行了(理论上,我没实践过)。
第二个,同时更新slicer和ts。去slicer官网下载最新版本的slicer(目前是5.8和5.9),下载后安装TS。这里不建议删除原来的slicer版本,两个版本可以同时存在。以防你新版本ts安装不成功旧版本又删掉了的尴尬局面。
当然,无论你采用哪种方式更新,该遇到的安装问题一个也不会少。
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2. 为什么安装上了ts,但是有些模型使用时会报错?
如图,我更新了slicer到5.8版本,也重新安装了ts,使用新模型liver_segments对肝脏进行分段,然后报错如下:

在左边界面可以看到如下信息:提示SSLError: HTTPSConnectionPoolerror,以及下载task 576处在ing…状态。
以及,弹出如下所示的错误
这个错误很好理解哈。就是第一次使用这个新模型,需要去github下载对应的模型,但是网络错误,连接不上。即便使用了魔法网络也不得行。
这个时候,显然的,在线下载不行,我就自己去官网把它下载下来不就好了嘛!
想法是好的,但是这需要理清楚两件事?哪里去下载,以及下载后放到哪里?
先来解决第一个问题:哪里去下载ts的模型?
ts的所有模型可以去官网仓库里找到。比如上述报错中,我们知道他要去下载task 576的模型,但是没有下载下来。我们就可以从仓库中找到对应的模型权重,比如下图中的dataset576就是对应的模型权重。只要task的数字对的上就行。
同时,我们也可以从下图中命名可以看到576的模型就是肝脏磁共振分段模型。点击下载,然后解压就可以了。

第二个问题,解压后的文件放到哪里?
windows系统请认准一下地址:C:\Users\Administrator\.totalsegmentator\nnunet\results
一般是在C盘,用户名可能大家都不一样,但是其余路径是一致的。

放置完毕后,重新打开slicer运行就ok了~
当你运行 monai auto3DSeg新模型报错时,也是同样的原理。
- 模型下载地址:https://github.com/lassoan/SlicerMONAIAuto3DSeg/releases/tag/Models
- 存放地址:C:\Users\Administrator.MONAIAuto3DSeg\models
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