ESPript（Easy Sequencing in PostScript）简介

ESPript（全称 Easy Sequencing in PostScript）是一个用于生成蛋白质或核酸序列比对图形化展示的工具。它特别适合将多序列比对结果以高质量、可发布的方式可视化，广泛应用于结构生物学和分子生物学研究中。

主要功能

• 比对结果可视化：将Clustal、MAFFT、T-Coffee 等多序列比对程序的输出转换为高质量图像。

• 结构注释支持：可以结合三维结构（如PDB文件）中的保守性、二级结构信息进行注释。

• 颜色编码：根据保守性、理化性质（如疏水性、极性等）自动进行氨基酸或碱基着色。

• 出版级图像输出：生成高分辨率 PostScript、PDF 或 SVG 图像，适用于科研出版物。

输入支持

• 多种格式的比对结果：Clustal、FASTA、MSF等。

• 可与 ENDscript 工具协同使用，以从结构中提取注释信息。

输出示例

• 带有保守性高亮的多序列比对图。

• 标注有α螺旋、β折叠的二级结构图。

• 保守性指数图与颜色图示相结合的展示。

使用方式

ESPript 可作为：

• Web工具：在线输入比对文件，快速生成图像。

• 本地命令行程序：下载后用于自动化和批量处理。

官网（Web版）：Welcome to ESPript 3

https://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index.php   #打开即可使用

使用

01 点击首页绿色按钮 “RUN ESPript”，进入文件上传界面。

02 点击红框中的 “选择文件” 按钮，上传多物种序列比对结果文件。

03 选择参数 ，Alignments output layout，设置比对图的整体风格。

04 结果参数，Alignments output files，可以选择输出文件格式，这里推荐默认选择 PDF 格式。

05 所有选项设置完成后，点击页面左上方 “SUBMIT” 按钮提交绘图任务。

06 下载pdf