安装流程主要分为三个阶段： 首先创建并激活一个隔离的 Conda 虚拟环境；接着在此环境中安装分子可视化软件 PyMOL；最后下载并配置分子对接插件 DockingPie 及其所需的外部引擎

以下是详细的安装配置大纲：

第一阶段：准备 Conda 环境

创建一个独立的 Python 虚拟环境，以避免与系统其他软件产生包版本冲突

1. 安装 Conda ：确保已安装 Miniconda 或 Anaconda。
2. 创建虚拟环境 ：打开终端或 Anaconda Prompt，运行以下命令新建环境（指定 Python 版本，例如 3）：

   conda create -n pymol_env python=3
   

3. 激活环境 ：

   conda activate pymol_env
   

第二阶段：安装 PyMOL

在配置好的 Conda 环境中安装开源版 PyMOL。

1. 配置通道 ：添加 conda-forge 频道以获取正确的依赖包：

   conda config --add channels conda-forge
   conda config --set channel_priority strict
   

2. 安装 PyMOL ：通过 conda-forge 安装 PyMOL：

   conda install -c conda-forge pymol-open-source
   

3. 验证安装 ：在终端输入 pymol 启动软件，若能正常弹出 PyMOL 界面即代表安装成功。

第三阶段：安装与配置 DockingPie

DockingPie 作为 PyMOL 的插件，需要通过插件管理器安装，并配置对接程序引擎。

1. 首先继续在当前的 conda 环境中, 安装 Biopython 模块

   conda install -c conda-forge biopython
   

2. 下载插件 ：前往 DockingPie GitHub Releases 下载最新版本的 .zip 压缩包。
3. 安装插件 ：
   • 打开 PyMOL。
   • 依次点击顶部菜单：Plugin -> Plugin Manager 。
   • 在弹出的窗口中切换到 Install New Plugin 选项卡，点击 Choose File... 并选择下载好的 .zip 文件。
   • 按照提示确认安装路径，重启 PyMOL。
4. 配置外部对接引擎 ：
   • 在 PyMOL 菜单中找到并打开 DockingPie。
   • 进入 Configuration （配置）选项卡。
   • 根据提示下载并安装所依赖的对接算法（如 AutoDock Vina、RxDock 等）

本次环境搭建的核心在于以 Conda 虚拟环境为基石，通过 PyMOL 插件机制实现分子对接的一体化配置 。首先利用 Conda 创建独立的 Python 隔离环境，并在其中顺次安装开源版 PyMOL 以及用于生物信息数据处理的 Biopython 库；随后，将下载的 DockingPie 插件包导入 PyMOL 的插件管理器中完成安装；最后，在 PyMOL 内打开该插件并根据向导配置所需的外部对接引擎（如 AutoDock Vina 等），即可直接在图形界面中开展分子对接工作。