写在前面

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今天为大家分享：如何设置全局系统提示词——让AI记住你的偏好，无需每次重复交代。

系统提示词：AI的入职手册

系统提示词是给AI的“入职手册”——把编码风格、工作规范、个人偏好写成文件，让AI永久记住，无需每次重复交代。Claude用CLAUDE.md和Memory，Codex用AGENTS.md，本质都是这个作用。

这两个文件都是系统提示词配置文件，作用是给AI设定固定的“行为规则”和“工作偏好”。

Claude Code记忆体系

Claude实际上有两套“记忆”机制，分工不同：

关键区别：# 是Memory系统的触发符。加 # 快速记个人偏好，不加 # 更新正式规范。

CLAUDE.md

Claude使用CLAUDE.md文件作为系统提示词，支持多级配置：层级位置作用用户级~/.claude/CLAUDE.md个人编码偏好，跨项目生效项目级./CLAUDE.md团队共享的项目规范本地级./CLAUDE.local.md个人项目专属，不共享目录级./src/CLAUDE.md子目录特定规则

加载优先级：越具体的层级越优先

生效顺序（从基础到优先）：
用户级 ~/.claude/CLAUDE.md
    ↓
项目级 ./CLAUDE.md → ./CLAUDE.local.md
    ↓
子目录级 ./src/CLAUDE.md → ./src/CLAUDE.local.md

1️⃣ CLAUDE.md示例

# 生信分析规范
## 代码风格
- Python脚本使用4空格缩进
- 变量名用小写下划线(如'gene_count')
- 函数必须添加docstring说明参数和返回值
## 数据处理
- 原始数据务必保留备份
- 中间结果输出到'tmp/'目录
- 最终结果输出到'results/'目录并记录版本
## 常用工具
- 序列处理：seqtk, seqkit
- 比对：STAR, minimap2
- 定量：featureCounts, Salmon
## 交互规范
- 分析前确认基因组版本（hg38/hg19/mm10）
- 重要操作前告知可能的风险

2️⃣ 验证CLAUDE.md生效

启动Claude Code，输入：

“我要分析一批RNA-seq数据，帮我写个比对脚本”

Claude没有直接写代码，而是先弹出交互式选项询问基因组版本，这正是我们在规范里要求的。界面上还能看到“测序类型”和“比对工具”的待确认项，说明它确实在按“重要操作前告知风险”的规矩来。等这些都选完，它会输出符合我们代码风格的脚本，比如4空格缩进、变量用小写下划线、函数带上docstring等细节。

3️⃣ 更新CLAUDE.md

输入：

“以后所有脚本都要记录运行时间，把这个写入CLAUDE.md”

Claude会读取现有文件并询问是否确定添加和更新，执行Yes确认后会自动追加新规范

确认后可以看到CLAUDE.md文件已有新添加内容

Memory

1️⃣ 什么是Memory

除了正式的CLAUDE.md，Claude还提供了一个更轻量的记忆机制——Memory系统。你可以把它理解为你的“私人备忘录”：不需要经过确认流程，不用考虑团队规范，快速记下那些“我喜欢这样处理”的个人偏好。

Memory保存在项目专属的目录中，每个项目独立：

~/.claude/projects/{project-name}/memory/
├── MEMORY.md              # 记忆索引，列出所有记忆
├── fasta_preference.md    # 具体记忆文件 1
├── scrna_preference.md    # 具体记忆文件 2
└── ...

每个记忆文件采用YAML前置元数据+Markdown主体内容的标准格式：

---
name: fasta-preference
description: FASTA文件处理的工具偏好
type: feedback
---
# FASTA 处理偏好
## 工具选择
- 优先使用 `seqkit` 处理 FASTA 文件
- 不再使用 `seqtk`
## 常用命令
- 统计序列数：`seqkit stats input.fa`
- 提取长序列：`seqkit seq -m 1000 input.fa > output.fa`
- 格式转换：`seqkit fq2fa input.fq.gz -o output.fa`

索引文件MEMORY.md会自动维护，方便快速浏览：

# Memory Index
- [FASTA Preference](fasta-preference.md) - FASTA文件处理的工具偏好
- [Plotting Style](plotting-style.md) - 绘图风格和配色方案

查看记忆：

cat
 ~/.claude/projects/{project}/memory/MEMORY.md

删除记忆：

• 由于Memory设计为轻量级备忘，没有精细的管理界面，需要手动删除：

# 删除特定记忆文件
rm ~/.claude/projects/{project}/memory/fasta-preference.md
# 或清空整个记忆目录
rm -rf ~/.claude/projects/{project}/memory/*

2️⃣ 什么时候用Memory

• 突然想到一个顺手的工具组合

• 发现某个参数设置特别适合你的数据

• 临时记住一个常用的分析流程

• 任何不想写进正式文档的小习惯

3️⃣ 如何使用Memory

方式一：# 前缀触发

只需在对话中以#开头：

# 以后处理fasta文件都用seqkit而不是seqtk

Claude会立即记录，没有确认对话框，不打断你的思路

方式二：/memory指令

输入/memory可以查看和管理记忆系统：

• 查看Auto-memory状态（on/off）

• 查看User memory和Project memory的保存位置

• 打开auto-memory文件夹快速浏览（终端无图形化界面时不支持打开）

双机制对比

Codex记忆体系

什么是AGENTS.md？

Codex使用AGENTS.md作为系统提示词文件，作用与Claude的CLAUDE.md类似。Codex在开始任何工作前都会读取AGENTS.md，通过分层配置确保每个任务都按统一规范执行。它采用的分层设计可以简单理解为：越靠近你当前位置的配置，优先级越高

Codex启动时会构建一条“指令链”，从两个层面收集规则：

全局层面：~/.codex/目录下的AGENTS.md，放你个人通用的习惯。如果临时想覆盖又不想删原文件，可以建一个AGENTS.override.md，Codex会优先读它。

项目层面：从项目根目录一路向下找到你当前的工作目录，每层都可能有配置。Codex会把沿途找到的文件拼在一起，后出现的内容覆盖前面的。

所以实际优先级是：

当前目录 > 父目录 > 项目根目录 > 全局配置 > Codex默认

每个目录里，Codex先看有没有AGENTS.override.md，没有再找AGENTS.md。override文件适合临时调整，删掉就恢复原来的规则。

文件结构：

~/.codex/
├── AGENTS.md              # 全局个人指导
├── config.toml            # 模型、提供商等配置
└── skills/                # 项目级Skill（可选）
你的项目/
├── AGENTS.md              # 项目级规范（最优先）
└── .codex/
    └── AGENTS.md          # 替代位置

AGENTS.md示例：

## 生信分析规范
### 代码风格
- Python 脚本使用 4 空格缩进
- 变量名用小写下划线（如 `gene_count`）
- 函数必须添加 docstring 说明参数和返回值
### 数据处理
- 原始数据务必保留备份
- 中间结果输出到 `tmp/` 目录
- 最终结果输出到 `results/` 目录
### 常用工具
- 序列处理：seqtk, seqkit
- 比对：STAR, minimap2
- 定量：featureCounts, Salmon
### 交互规范
- 分析前确认基因组版本（hg38/hg19/mm10）
- 重要操作前告知可能的风险
- 提供命令时解释关键参数含义

如何使用AGENTS.md

第一步：创建文件并粘贴保存规范（推荐项目级）

# 在项目目录创建（推荐）
vim ~/codex-project/AGENTS.md
# 或者全局配置
vim ~/.codex/AGENTS.md

第二步：验证生效

启动Codex，输入：

“我要分析一批RNA-seq数据，帮我写个比对脚本”

Codex会根据加载的规范来执行，按照规范询问基因组版本、测序类型等必填参数，而不是直接开始写代码

更新机制

Codex支持在对话中直接更新项目级的AGENTS.md：

“帮我在AGENTS.md里添加一条：比对后检查比对率和覆盖度”

Codex会读取当前AGENTS.md，在“质控要求”部分追加新规范，经确认后完成更新。

边界说明：

• 只能更新项目级AGENTS.md，不能覆盖系统或开发者层面的更高优先级指令

• 如果新增规则与现有规范冲突，Codex会指出冲突点，按可执行的方式处理

也可以手动编辑 vim AGENTS.md，实时生效。

核心对比

使用建议

Claude用户

Codex用户

1. 项目规范：创建项目级AGENTS.md（推荐）

2. 全局配置：~/.codex/AGENTS.md（目前不生效，建议放~/AGENTS.md作为父目录继承）

3. 快速切换：创建项目级Skill（./.codex/skills/）

4. 动态更新：对话中直接让Codex修改AGENTS.md

5. 注意：Codex没有Memory系统，临时偏好需要写入AGENTS.md或创建Skill

结语

无论是Claude的CLAUDE.md+Memory还是Codex的AGENTS.md，核心目标一致：让AI记住你的工作方式，给AI分配任务时，越具体AI完成得越好。

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