在RNA甲基化修饰研究的火热浪潮中，Writers（书写器）、Erasers（擦除器）和 Readers（阅读器）——合称WER蛋白，无疑是主导调控机制的“三剑客”。

然而，搞清楚这些蛋白到底靶向了哪些基因？在特定细胞系中发挥了什么作用？与哪些疾病相关？往往需要耗费大量时间去浩如烟海的文献和高通量测序数据中“大浪淘沙”。

今天，我们介绍一个新的科研工具——RM2Target v2.0（中山大学研究团队开发）[1]，它是一个RNA修饰调控蛋白的靶基因数据库。如果你正在进行RNA表观调控相关的课题，寻找下游靶基因、探索疾病分子机制，或者需要高质量的组学整合数据，RM2Target v2.0绝对值得关注和收藏。

01 数据库研究的主角

在RNA修饰领域，有三类最核心的蛋白（统称为WER蛋白）：

• Writers（书写器）：负责给RNA加上修饰（比如METTL3）。

• Erasers（擦除器）：负责把RNA上的修饰擦掉（比如FTO）。

• Readers（阅读器）：负责识别这些修饰并执行具体功能（比如YTHDF系列）。

这个数据库就是专门研究这三类蛋白究竟作用于哪些靶基因的。

02 数据库基本信息

RM2Target是一个全面收录18种RNA修饰的书写器、擦除器和阅读器（WERs）靶标的数据库。研究团队收集了具有以下不同证据类型的靶基因：

• 已验证：通过3,388篇已发表文献中的WER扰动实验，验证了11,173个WER-靶标关联

• 结合：从CLIP-seq、RIP-seq、ChIP-seq和质谱等高通量测序数据中预测出1,785,670个具有结合证据的WER-靶标关联。

• 扰动：通过WER扰动后进行的RNA-seq、MeRIP-seq和Ribo-seq等高通量测序，推断出3,218,835个WER-靶标关联。总之，RM2Target收录了4,400,616个WER-靶标关联，涵盖20种生物（人、小鼠、拟南芥、线虫、斑马鱼、水稻等）中973种不同细胞系/组织的18种RNA修饰的273个WERs。

在RM2Target中，我们可以获取以下信息：

• WER和靶基因的基本信息，如基因ID、基因符号、基因类型、别名和功能描述。

• WER-靶基因关联的详细信息，如结合信息、检测方法、细胞系注释、扰动方向，以及在表达、翻译、可变剪接、稳定性或修饰水平上的下游效应。

• 靶基因的丰富注释，包括RNA修饰、RNA相关相互作用及相关疾病信息。

该数据近期升级到v2.0版本，此次数据库有几个升级亮点：

A. 数据量“狂飙”，涵盖20个物种的440万+互作

B. 大模型赋能，让数据整合更精准

这次升级最引人注目的技术亮点，在于团队创新性地采用了大语言模型（Large Language Models）来辅助人工审阅（Curation）。

C. 全方位深度注释，直击临床疾病与调控机制

对于科研人员来说，只知道“谁靶向谁”是不够的。RM2Target v2.0提供了极致丰富的多维注释信息：

• 修饰图谱 (Modification profiles)：直观展示靶基因上的修饰位点分布。

• 分子互作网络 (RNA interactions)：帮助你构建更庞大的分子调控网络。

• 临床疾病关联 (Disease links)：数据库将靶基因与各类疾病进行了深度关联注释。

03 如何使用数据库？

网址：http://rm2target.canceromics.org/

RM2Target网站界面

首页可以直接输入信息，进行检索。

菜单栏有“Browse浏览”、“Search搜索”、“Download下载”、“Help帮助”等。其中，帮助部分有详细的数据库使用教程供用户使用。今天，我们重点关注“浏览”部分。

点击菜单栏Browse，弹出如下窗口信息：

1.  Browser

2.  WER Information

3.  Top Target Gene of METTL16

4.  Top Motifs Found in Target Genes

5.  Distribution

6.  Browse Result

【1】Browser

第一栏有“Organism（选择物种，比如人、小鼠、拟南芥等）”、“Modification（选择修饰类型，比如m6A）”、“WER type（WER类型，比如Writer/Reader/Eraser）”、“WER（比如METTL16）”可供重新筛选。

【2】WER信息

然后，可以看到WER的详细信息。其涉及WER符号、修饰、WER类型、靶RNA类型、详细功能描述等信息。

【3】靶基因词云

这里我们可以看到METTL16的靶基因词云，也可以选择可视化的数量。还可以点击靶基因的名字，查看具体的信息。

【4】靶基因motif

将来自Clip-seq或MeRIP-seq的相关峰作为输入，使用HOMER进行motif富集分析。

【5】靶基因分布

不同来源的靶基因分布。

【6】筛选出来的查询结果

筛选出来的查询结果，可以重新筛选。此外，还添加了细胞系/组织类型、靶基因名和证据类型进一步筛选。

点击ID、Validated、Binding等来查看细节信息。

跳转的细节信息，我们可以看到如下信息：

① WER-靶标关联

概括性信息，包括RM2Target ID、WER类型、修饰、生物体、细胞系/组织信息及相关证据类型。

② WER-靶标关联信息

这部分内容包括“已验证的证据Validated Evidence”、“结合证据Binding Evidence”、“扰动证据Perturbation Evidence”。

③ 靶基因信息

除了靶基因的基本信息外，这部分还提供了靶基因的注释，包括RNA修饰、疾病注释信息。

④ TCGA分析

这部分可以用于研究WERs表达与其靶点在癌症类型中的关联性。

今天的介绍就到这里了，更多关于数据库的使用欢迎自己摸索。如需做RNA修饰相关的技术服务，欢迎咨询~

• 参考文献

[1] Bao X, Jiang Q, Chen W, et al. RM2Target v2. 0: an updated database for the target genes of writers, erasers, and readers of RNA modifications[J]. Nucleic Acids Research, 2026, 54(D1): D279-D290.