三种牙颌面部的自动分割方法-专为口腔定制

在口腔影像分析中，自动、准确地分割牙齿与颌骨等结构，是诊断辅助、术前规划和导航系统的重要基础。

本文总结三种具有代表性的方案：DentalSegmentator、TotalSegmentator、以及nnU-Net模块。

DentalSegmentator

DentalSegmentator（DS） 是一个基于 nnU-Net 框架的 3D Slicer 扩展模块，用于在牙颌面 CT 和 CBCT 影像上进行全自动、多结构分割。它可识别并生成以下五个结构：

• 上颌骨与颅骨（Maxilla & Upper Skull）
• 下颌骨（Mandible）
• 上牙列（Upper Teeth）
• 下牙列（Lower Teeth）
• 下颌管（Mandibular Canal）

具体的使用方法见之前的教程【添加链接】

注：该方法安装较难，需要的话可以联系Tina姐

TotalSegmentator

TotalSegmentator（TS） 是一个覆盖超过 100 个解剖结构的强大全身 CT 分割模型，也可以分割全身超50多个MRI 器官。

最近，新更新的2个模型可以分割口腔颌面部结构。

craniofacial_structures model:

• mandible（下颌骨）
• teeth_lower（下牙列 / 下排牙齿）
• skull（颅骨）
• head（头部）
• sinus_maxillary（上颌窦）
• sinus_frontal（额窦）
• teeth_upper（上牙列 / 上排牙齿）

teeth model:可以精细分割每个牙齿牙髓等结构，最全面的口腔结构分割模型

但是使用TS，目前只能使用python版本，3D slicer目前没有更新这两个模型。

python版TS更多使用方式见之前的文章【添加链接】

python版TS>2.12更新了这两个模型

终端输入
TotalSegmentator --version查看版本

终端输入 TotalSegmentator -h查看是否包含craniofacial_structures和teeth两个模型

如果确认了包含这两个模型，就可以在命令行进行自动分割或批量分割口腔结构

使用craniofacial_structures

TotalSegmentator -i ".\demo\PreDentalSurgery.nii.gz" -o ".\demo\segmentations\" -ml -ta craniofacial_structures

将分割好的结果用slicer展示，并且模仿DS的配色，效果如图

使用teeth分割

 TotalSegmentator -i ".\demo\PreDentalSurgery.nii.gz" -o ".\demo\segmentations\teeth.nii.gz" -ml -ta teeth

将分割好的结果用slicer展示，并且模仿DS的配色，效果如图

nnU-Net

如果上述TS的效果还不错，又不想用python写命令的，可以考虑使用slicer 的nnUNet插件完成。一般情况下，如果Slicer里面装了TS，那么nnUNet是自动安装的。

可以在模块中搜索，查询是否安装。没有安装的话可以去插件库下载

使用方法很简单，如下图，将craniofacial_structures和teeth的模型从官网下载下来，加载进去，可以了。

模型下载地址 https://github.com/wasserth/TotalSegmentator/releases

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