Web Server（Nginx为例）
1、为防止跨站感染，要做虚拟主机目录隔离（我是直接利用fpm建立多个程序池达到隔离效果）
2、上传目录、include类的库文件目录要禁止代码执行（Nginx正则过滤）
3、path_info漏洞修正：
if ($request_filename ~* (.*)\.php) {
set $php_url $1;
}
if (!-e $php_url.php) {
return 404;
}
4、重新编译Web Server，隐藏Server信息。
5、打开相关级别的日志，追踪可疑请求，请求者IP等相关信息。

改变目录和文件属性，禁止写入
find -type f -name \*.php -exec chmod 444 {} \;
find -type d -exec chmod 555 {} \;
注：当然要排除上传目录、缓存目录等；
同时最好禁止chmod函数，攻击者可通过chmod来修改文件只读属性再修改文件！

PHP配置
禁用危险函数：
dl,eval,exec,passthru,system,popen,shell_exec,proc_open,proc_terminate,curl_exec,curl_multi_exec,show_source,touch,escapeshellcmd,escapeshellarg

MySQL账号安全：
禁止mysql用户外部链接，程序不要使用root账号，最好单独建立一个有限权限的账号专门用于Web程序。

查杀木马、后门
常见的一句话后门：
grep -r –include=*.php  ‘[^a-z]eval($_POST’ . > grep.txt
grep -r –include=*.php  ‘file_put_contents(.*$_POST\[.*\]);’ . > grep.txt
把搜索结果写入文件，下载下来慢慢分析，其他特征木马、后门类似。有必要的话可对全站所有文件来一次特征查找，上传图片肯定有也捆绑的，来次大清洗。

查找近2天被修改过的文件：
find -mtime -2 -type f -name \*.php
注意：攻击者可能会通过touch函数来修改文件时间属性来避过这种查找，所以touch必须禁止

最后要及时补上Web程序漏洞

总结
木马、后门查杀是个漫长的过程，网站一旦被入侵任何旮旯拐角都可能留下后门。中途可能和攻击者进行神交，摸清攻击者的性格、习性等，这些都有利于查杀。要现需谨慎地和攻击者交流，期间就有几个攻击者加我QQ和我交流。
也是个很有意思的过程