在做完测序后，一般期刊会要求提供公共数据ID，可以上传的数据库可以是 NCBI，EBI，DDBJ，以及国内的 NGDC。今天我们以 NCBI 上传数据为例。

0、基础知识

NCBI 的其中一个数据库 GEO 用于管理和存储我们的测序数据。GEO 构建之初用于存放芯片数据，后来成为随着测序技术的快速发展，逐渐成为高通量测序数据的主要存储库之一。

其中每个项目都可以包含有测序后原始数据信息，如 sra，fastq 等文件信息等，以及上游分析后的数据，如count，bam，bw 等文件。

需要注意的是上面提到的原始数据是存储的文件信息，真正的 raw data 文件是由 Sequence Read Archive (SRA) 库来管理。接下来的工作就是去 SRA 上传我们的数据。

1、登录或注册用户

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/

2、进入SRA

网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/

向下滚动，找到Sequence Read Archive (SRA)工具，点击Submit

2、新建提交

3、按要求填写信息

这一步需要的信息比较多，建议下载表格后，直接上传即可。

4、使用ascp

可以使用 ftp 上传，但 NCBI 提供了更为快速的上传工具 aspera ，这里实测是在 100 Mb/s 左右浮动，安装参考：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/107190684

希望在不久的将来，我们国家 NGDC 的 GSA 数据库也能有类似的工具，而不是只提供 ftp 上传。

ascp -i /mnt/h/work/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /mnt/h/work/ncbi_upload/raw/ subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/your_email_id

5、等待上传完成

6、确认是否上传完成

重复以上命令，ascp 会检测文件上传是否完整，如果上传完成，会直接 skipped

7、检测上传数据是否正确

确认无误后，确定公开时间等信息，等待审核通过后，会获得官方提供的唯一 GSE 标识符。