官方说明链接:
https://intellij-support.jetbrains.com/hc/en-us/community/posts/115000736584-SciView-in-PyCharm-2017-3-reduces-functionality-of-Matplotlib

pycharm从2017.3版之后,将matplotlib的绘图的结果默认显示在SciView窗口中, 而不是弹出独立的窗口, 如图

如果不喜欢这种设置,可以通过如下方式修改,弹出独立窗口
File | Settings | Tools | Python Scientific | Show plots in toolwindow

如图, 取消勾选

此时,在执行就会在独立的窗口中弹出Matplotlib绘图

补充(2019.04.29):

测试平台及版本(使用上述方法work)

• windows10 x64 专业版
• Anaconda3-5.2
• PyCharm2018.1.4 & PyCharm2019.1.1(当前最新)

可能遇到的问题
配置最新版PyCharm2019.1.1弹出matplotlib窗口时, 依赖的PyQt5,作者遇到了下面的错误
…
File “D:\ProSoft\PyCharm2019.1.1\helpers\pydev\pydev_ipython\inputhookqt5.py”, line 25, in
from PyQt5 import QtCore, QtGui
File “D:\ProSoft\PyCharm2019.1.1\helpers\pydev_pydev_bundle\pydev_import_hook.py”, line 21, in do_import
module = self._system_import(name, *args, **kwargs)
ImportError: DLL load failed: 找不到指定的程序。

问题分析: PyQt5安装不合适, DLL文件找不到
解决方案: pip install PyQt5
参考链接: https://blog.csdn.net/Ltime/article/details/71403947

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