R中SingleR的本地安装
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SingleR这个包也是我最近学单细胞转录组才接触到的,因为自身网络原因,这个包下载一直出问题,BiocManager::install()安装和从bioconductor上下载都试过,好像是版本的原因一直出问题,不太了解,最后解决方法是从GitHub下载,R本地安装。
R:3.6.1
SingleR:1.0.1
下载方法1:最基本的,也是一开始学习单细胞教程给的代码
library(devtools)
devtools::install_github('dviraran/SingleR')
library(SingleR)
下载方法2:本地安装
https://github.com/dviraran/SingleR
这是包的位置,直接点code,zip下载,大概300MB吧
然后就进行安装就好了,但是这里用的是devtools的local安装,而不是Rstudio里面自带的本地安装,用自带的安装的话library不了,而且一开始从GitHub上下载下来的压缩包叫SingleR-smart,我把它改为SingleR了,不知道有没有什么影响。
library(devtools)
devtools::install_local("D://SingleR.zip")
library('SingleR)
出现这个界面就安装好了
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